施工後５年目の屋上のFRP防水の一部（80四方くらい）が下地から浮き、ふわふわしています。ヒビなどは入っていないように見えます。下地のコンパネが傷んでいるかどうかは、今のところ確認できません。
　施工業者に連絡したら、その部分のFRPをはがして、もし下地が傷んでいたらその部分だけのコンパネを切り取り、新しいものに替え、その上にFRPを張り直し、その上にもう少し弾性のある防水を施します、と返答されました。
　が、コンパネが切り張りされたり、FRPの厚さがその部分だけ違うということに不安を覚えます。その補修方法で大丈夫なのでしょうか？　また、今さらですが、建築確認申請に提出された仕様を見てみましたら、わが家は準防火地区にあるため、FRPの下地には18合板プラス防水シートプラスラス地25と書いてありました。今思うに、下地合板は12の普通のもの、そしてその上に直にFRP層を重ねたと記憶しています。
　このことは、今さら建築業者にクレームを言っても良いものでしょうか？？
　ご回答のほど何卒よろしくお願いいたします。

　まず、FRPの補修方法ですが、業者が仰せのとおりの補修法が最も常識的な方法と思われます。
　FRPは何層にも樹脂を重ねますので、上部を弾性の強いものにするという意味なのでしょう。
　しかし、FRPが下地から浮き上がることは決して珍しい現象ではありませんし、それがそのまま漏水事故になるとも限りません。仰せのとおり、補修が動機で漏水事故につながる場合も少なくありません。むしろ、無理に補修工事を要請せず、業者には瑕疵担保責任の期間10年を15年くらいに延ばすことなどを条件にして、様子を共に見守るような交渉をなさったほうが賢明と思われます。

　確認申請と実際の施工が異なっているほうが問題だと思います。
　準防火地域は防火被覆が必要なので、確認申請ではモルタル下地が容易となる防水シート、ラス下地、モルタル25ミリの仕様にしたものと思われます。しかし、FRP仕様のほうがはるかに漏水事故の確率が低くなり、信頼性の高い防水法といえます。施工価格も防水シート、モルタルと比較すると、素材にもよりますが、高価なものが多いようです。

　上記のように幾重の確認事項はあります。しかし、業者との心情的な対立は、建主さん側に不利益しか与えません。上手に業者さんをモチベートして質問者の利に沿った交渉を行うべきでしょう。

　わが家はベタ基礎なので基礎パッキンでの換気方法なのですが、その肝心な換気口が左官屋さんにより、立ち上がりの仕上げのときにセメントを塗り込んでふさいでしまっています。しかもほとんど全面に近いです。
　これでは換気の機能ができないですよね？
　これからどのようなことが起こりうるのか？　またどのように対処すべきか？　教えていただきたいです。

　基礎パッキンは、土台と基礎天板の間に隙間を空けて床下の通気を促す工法です。床下は常に通気がなされる要件を整えていなければなりません。したがって、この大切な床下通気用の隙間が塞がっているような環境では、家の床下環境を良好に保持できなくなる可能性があります。

　対処法としては、基礎コンクリートの表面を仕上げた際にその仕上げモルタルが、上部に出っ張って隙間を埋めたものと思われますので、その出っ張った部分を丁寧に取り除くことが必要でしょう。綺麗に取り除くには、専門的な技術が必要なので、業者に事情を話して除去していただくべきでしょう。道具が揃っていれば決して難しい作業ではありません。

　基礎断熱にした場合、第３種換気は向かない、というような発言に受け取れますので、私から補足します。
　基礎断熱、第３種換気の場合でも、床下に排気ダクトを落としたり（対角に２本など）、フロアにガラリを付けるなどで十分に床下の換気を行えますし、室内と近い環境にもっていけます。
　問題のお宅では換気不足による床下の湿気が予想されますが、排気ダクトを一本落としてみるのはいかがでしょうか。
　室内側に湿気が浸入するのを防ぐのと同時に、気圧を負圧にすることによって室内の乾燥した空気を床下に取り込む動きから、湿度の低下を期待できると考えられます。
　基礎の立ち上がりが低い、設定GLが低いなどによる湿気は建築前に対応することであり、経験・技術が問われます。